Als 1948 die Studentengemeinde das „Jägerheim“ am Ortenberg als räumliches Zentrum erhielt, dachte man zuerst an die Errichtung eines überregionalen Tagungshauses für die Gesamtarbeit der Evangelischen Studentengemeinden in Deutschland. Dieser Plan zerschlug sich. Es entstand der „Verein Vilmarhaus“, der vor allem als studentische Mensa in Erscheinung trat. Etwa 400 Studierende aßen täglich im alten Vilmarhaus, das seinen Namen nach dem konservativen Marburger Theologen August Friedrich Christian Vilmar (1800-1868) erhalten hatte. Die alten Gebäude riss man schließlich ab, gab die Mensafunktion auf und errichtete 1964/65 insgesamt drei Wohnheime für (heute) 112 Studierende, von denen die beiden kleineren ausschließlich für Studentinnen gedacht waren.

Nach der heutigen Satzung muss eine Mehrheit der Bewohner*innen einer christlichen Kirche angehören. Die Seelsorge und Begleitung der Vilmarhausbewohner*innen gehört zu den Aufgaben der Studierendenpfarrerin/des Studierendenpfarrers.

Nach dem Studentenwerk ist die landeskirchliche Einrichtung „Vilmarhaus“ der bedeutendste Betreiber eines Studierendenwohnheimes in Marburg.